Historia lasów Nadleśnictwa Pomorze ściśle związana jest z istnieniem Puszczy Augustowskiej. Puszcza ta nazywana dawniej Sudawską lub Jaćwieską po założeniu miasta Augustów w roku 1561 przyjęła nazwę „Augustowskiej".

W wyniku podziału ziem pojaćwieskich między Litwę i Zakon powstały leśnictwa (puszcze): Merecka, Przełomska i Perstuńska zwana też Grodzieńską. Lasy Nadleśnictwa Pomorze stanowiły część Puszczy Przełomskiej, z wyjątkiem krańców północno-wschodnich, należących do Puszczy Perstuńskiej.

W 1589 r. lasy Nadleśnictwa Pomorze zostały włączone do ekonomiki Mariampolskiej stając się prywatną własnością panującego.

Początki służby leśnej (osoki) wywodzą się od osoczników (XV w.). Ich zadaniem było pilnowanie bogactw puszczańskich.

Od XVI wieku zaczęto pozyskiwać drewno, które spławiano rzekami Marychą, Czarną Hańczą
i Niemnem do Królewca lub Rozpudą, Nettą, Biebrzą i Wisłą do Gdańska.

Pierwsza wzmianka o miejscowości Pomorze pochodzi z 1568 roku. Był to ośrodek leśnictwa przełomskiego, siedzibą leśniczego był dwór Pomorze koło Gib. Zabudowania obecnego Nadleśnictwa Pomorze znajdują się w miejscu dawnej siedziby Leśniczych Przełomskich. Nazwa „leśniczy" określała dzierżawców dużych połaci puszczy, dorabiających się na dzierżawie wielkich fortun magnackich.

Włości folwarczne, wraz z całą puszczą, stały się w końcu XVII w. własnością Kamedułów. W latach trzydziestych XVIII w. powróciły
w ręce królewskie. W latach 1795 -1806 ziemie Suwalszczyzny znalazły się w zaborze Pruskim.

Puszczę Augustowską zaliczono do lasów rządowych. Wprowadzono wówczas nowy podział administracyjny dzieląc lasy puszczy na sześć leśnictw, a lasy dzisiejszego Nadleśnictwa Pomorze wchodziły w skład leśnictwa Pomorze. Dzieliło się ono na następujące straże: Maćkowa Ruda, Głęboki Bród, Wiłkokuk i Dymielowizna.

W 1807 r. puszcza znalazła się w granicach Księstwa Warszawskiego. Za czasów Królestwa Kongresowego, w latach 1823 - 1827, lasy obecnego Nadleśnictwa Pomorze wchodziły w skład leśnictwa Sejneńskiego. Po likwidacji Królestwa Kongresowego w 1864 r. lasy te przeszły na własność skarbu rosyjskiego i stan ten utrzymywał się do 1916 r.
Za czasów Królestwa Polskiego wybudowano Kanał Augustowski. Powstał on w latach 1824-1839 pod kierownictwem Ignacego Prądzyńskiego. Budowa kanału odbiła się niekorzystnie na środowisku przyrodniczym. Obniżenie poziomu wód gruntowych i powierzchniowych wpłynęło na zachwianie równowagi biologicznej w wielu ekosystemach leśnych
i bagiennych. Ułatwiony transport drzewa drogą wodną zintensyfikował eksploatację lasów.

Lasy Nadleśnictwa Pomorze zostały po raz pierwszy urządzone w roku 1840 metodą okresowo-powierzchniową. Puszczę podzielono na oddziały o powierzchni około 100 ha.

W okresie I wojny światowej Niemcy prowadzili rabunkową eksploatację puszczy. Zbudowali 4 tartaki w: Płocicznie, Augustowie, Bliźnie i Sajenku oraz kolejkę wąskotorową, łączącą część lasów puszczy z Płocicznem. Ponadto w Płocicznie powstała fabryka celulozy. W tym czasie wycięto 16772 ha drzewostanów, pozyskując około 4 mln m³ drewna. Powstałych zrębów nie odnawiano i nie prowadzono pielęgnacji drzewostanów.

W roku 1931 w Puszczy Augustowskiej przeprowadzono nadzwyczajną rewizję wszystkich planów urządzenia lasu. W trakcie jej prac Puszczę podzielono na dwa obręby, ustanowiono nowy podział powierzchniowy, tworząc oddziały o powierzchni około 25 ha.

W czasie II wojny światowej, lasy Nadleśnictwa Pomorze nie poniosły zbyt dotkliwych strat. Tereny te zostały włączone do Rzeszy i gospodarka była prowadzona raczej pod kątem hodowlanym niż eksploatacyjnym. Niemniej jednak prowadzono dosyć intensywne użytkowanie rębne. Wycinano drzewa na surowiec wywożony na zachód oraz na budowę umocnień wojskowych i dróg. Wiele zniszczeń spowodowały także bezpośrednie działania wojenne. W latach 1944-1945 wybuchło dużo pożarów, a część drzewostanów została silnie postrzelana.

Po drugiej wojnie światowej cała Puszcza z wyjątkiem wschodniej części nadleśnictw Hańcza i Sejny znalazła się w granicach Polski. Nastąpił nowy podział Puszczy na nadleśnictwa: Wigry, Suwałki, Rozpuda, Krasnopol, Sejny, Augustów, Szczebra, Białobrzegi, Rudawka i Krasne.

W latach 1952/53 podzielono Nadleśnictwo Krasnopol i Sejny na cztery nadleśnictwa: Maćkowa Ruda, Głęboki Bród, Pomorze i Czarna Hańcza.

W roku 1973 lasy Nadleśnictwa Czarna Hańcza i Nadleśnictwa Pomorze połączono
w jedną jednostkę administracyjną pod nazwą Nadleśnictwo Pomorze, składającą się z dwóch obrębów: Czarna Hańcza i Pomorze z siedzibą we wsi Pomorze.